一是规模快速增长与资产质量下降矛盾显现。10年来，煤炭企业100强规模快速增长，其中，收入规模从0.28万亿元增长到3.78万亿元，年均增长33.66%;资产规模从0.61万亿元增长到5.05万亿元，年均增长26.5%，企业显现出强大的发展势头和成长能力。但自2009年以来，100强企业负债规模快速增长，净资产增长率迅速下降，已连续四年低于资产增长率，今年为“十一五”以来最低值，表明100强企业的规模增长受负债增长拉动影响，资产增长质量下降，企业潜在财务风险增加。
二是规模增速放缓，盈利能力下滑。今年，煤炭企业100强收入、资产分别比上年增长18.15%和24.18%，增速均为十年来次低值;产量比上年增长8.7%，增速首次降至个位数，为八年来最低值。受规模增速放缓影响，100强企业利润、收入净利率和资产净利率均为八年来最低值。100强企业规模增速放缓在一定程度上导致了企业盈利能力的下滑。同时，受企业成本增加、税负负担加重以及煤炭价格回落等多重因素影响，致使本就获利水平不高的企业，利润空间受到严重挤压。
三是盈利能力和劳动生产率与中外大企业差距拉大。今年，煤炭企业100强盈利能力明显低于中外大企业。收入净利率为3.99%，较上年下降2.41个百分点，比中国500强和世界500强分别低0.35个百分点和1.37个百分点;净资产收益率为9.21%，较上年下降5.24个百分点，比中国500强和世界500强分别低2.22个百分点和2.6个百分点。煤炭大企业与世界500强差距更大。
四是研发投入强度不够，科技创新动力不足。煤炭企业100强在规模快速扩张的同时，研发投入缺乏稳定增长的保障机制，研发投入强度仍处于较低水平。研发费用率从2005年的1.17%到今年的1.41%，仅提高了0.24个百分点。按国际通常标准，研发费用率达到2%的企业可以生存，达到5%的企业才有竞争力，煤炭企业100强距离这一目标还有不小差距。煤炭大企业安全高效开采、清洁高效利用、矿区生态治理与环境保护等关键技术滞后，重大技术装备制造国产化能力不足。
五是经营能力不足，集团化管控水平不够。煤炭企业100强的快速扩张大多都是通过并购重组完成。截至去年底，煤炭企业100强拥有全资或控股子公司3707家，比上年增加658家;有分公司979家，比上年增加184家;有参股子公司1150家，比上年增加34家。尽管企业实力明显提升，但是由于组织机构复杂，在制度和宏观管理上不能形成统一标准，缺乏对产业链利益相关者的管控能力和跨区域、跨产业、跨文化的管控能力，难以支撑资源有效配置。
六是核心竞争力弱，品牌意识淡薄。煤炭企业100强规模虽大，但核心竞争力弱的问题突出。近年来，100强企业非煤产业发展迅速，非煤产值比重达到60%，总体呈现第二产业逐步做强、第三产业大力发展的局面。但有的企业盲目多元化，经营业务涉及多达十几个产业，投资分散，难以集中精力培育核心竞争力。
七是民营企业生存发展压力加大。一方面整合重组门槛提高。近年来，煤炭产业政策持续调整，矿井规模与产业准入门槛不断提高，国有规划矿区、特殊和稀缺煤种矿区煤炭由国有控股开发，部分地区直接将开发主体设为国有企业，许多民营煤矿投资者由于缺乏稳定的产业政策指导、投资回报预期以及融资支持，处于被动地位甚至两难境地;另一方面退出机制不完善。对于需要关闭的合法矿井，全国没有统一的经济补偿标准和规范的操作程序，各地补偿政策和方法不一。如何更好尊重和保护民营煤炭企业的私有产权，需要更好的制度保障;再一方面企业税费负担加重。在煤炭经济下行的形势下，民营煤炭企业还要面对一些税收优惠政策难以享受、地方行政性收费和乱摊派更为严重的情况。此外，随着煤炭产业政策日益严格，安全生产、环境保护约束增强，成本上升压力日益突出，许多小型煤矿尤其是小型民营煤矿企业面临生存困境。
